В 1891 Гарин‑Михайловский руководил изыскательской партией, выбиравшей место для строительства железнодорожного моста через Обь для Транссибирской магистрали, и именно он отклонил вариант возведения этого сооружения в районе Томска. Это решение впоследствии привело к выбору участка на территории будущего Новосибирска и сыграло важную роль не только в развитии города, но и в его создании.